为保护河流、海岸水域和公共卫生,经生物处理过的民用污水排放前需要消毒,而生物处理与其它的处理步骤如筛网、沈淀和过滤结合并不足以杀死致病菌和病毒。由於水源是用於洗澡和饮用水,为防止人类感染的危险,进一步的消毒是一关键步骤。据中央政策,减少使用加氯系统而改用紫外线消毒系统,能有效地保护水源,减少环境污染。污水处理厂专案乃大型工程项目,单是紫外线消毒系统涉及的资金,往往由数百万至千万元。这种消毒系统特别适合我国的地理环境,如长江流域,皆因这系统不会产生二次污染。